วันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2546 มาดินา อามิน (ภรรยาของอามิน) รายงานว่าอามินอยู่ในอาการโคม่าและใกล้จะถึงแก่อสัญกรรมที่โรงพยาบาลเฉพาะทางกษัตริย์ไฟแซล (King Faisal Specialist Hospital) เมืองเจดดะห์ ประเทศซาอุดีอาระเบีย เธออ้อนวอนให้โยเวรี มุเซเวนี ประธานาธิบดีของยูกันดาอนุญาตให้อามินกลับมาสิ้นใจที่ประเทศบ้านเกิด มุเซเวนีตอบกลับไปว่า "คำตอบสำหรับบาปกรรมของเขาที่ได้กระทำไว้นั้นนำประเทศไปสู่ความล้าหลัง"[51] อามินถึงแก่อสัญกรรมในวันที่ 16 สิงหาคม พ.ศ. 2546 ร่างของเขาถูกฝังที่ป่าช้ารูวาอิสในเมืองเจดดะห์[52]